Закарпатская таможня, расположенная на пересечении границ с индустриально развитыми регионами Европы, по праву считается «Западными воротами Украины». Ее история началась 8 сентября 1945 г. с создания Чопской таможни. Она занимала особое место в таможенной системе, поскольку находилась на стыке границ нескольких государств — Венгрии, Румынии, Чехословакии и Польши.
В первые годы деятельности таможня состояла в основном из бывших фронтовиков. В 1968 году был открыт таможенный пост «Тиса», а в 1980 году он стал круглосуточным международным пунктом пропуска. После провозглашения независимости Украины в 1991 году таможни Закарпатья (Чопская, Ужгородская, Раховская, Дьяковская, Береговская, Виноградовская) стали одними из базовых в развитии таможенной службы.
Рост потоков грузов и пассажиров привел к расширению таможенных учреждений. В 1994 году все таможни Закарпатской области вошли в состав Карпатского территориального таможенного управления, а позже после ряда реорганизаций таможня получила свое современное название.
В настоящее время в зоне деятельности Закарпатской таможни функционирует 20 пунктов пропуска, а в штате работает более 1100 специалистов. За 8 месяцев 2025 года таможня перечислила в государственный бюджет 15,4 млрд. грн. За этот же период было возбуждено 613 дел о таможенных правонарушениях на сумму более 181 млн грн.
В борьбе с контрабандой таможенникам помогают 18 кинологических команд. Благодаря четырехлапым помощникам только в этом году были обнаружены значительные партии наркотических средств. Кроме того, с начала полномасштабного вторжения Закарпатская таможня передала на нужды ВСУ конфискованные товары более чем на 121 млн грн. 
